La centralita Control Unit 6021 tiene algunos defectos:

Sólo maneja hasta 4 funciones + f0 (luces en sentido de la marcha [function] y [off]) por cada máquina. Si la máquina es capaz de hacer más cosas, no puedes regularlo manualmente. Normalmente, por ejemplo las máquinas Marklin mfx con sonido en hasta 12 funciones, van haciendo sonar los sonidos no seleccionables con sentido común algunos: chirrido de frenos en frenadas bruscas, y otros al azar.
La centralita Control Unit 6021 NO es actualizable por software: todo puro hardware. IB sí admite actualizaciones flash.
La centralita Control Unit 6021 tiene un display (pantalla) que sólo muestra un número de dos cifras: normalmente la dirección digital de la máquina seleccionada, y algun otra cosa.
La centralita Control Unit 6021 es unidireccional: la centralita manda y los decoders obedecen; la centralita no escucha. No es bidireccional como los nuevos mfx de Marklin Systems, en que los decoders también emiten y la centralita los escucha, como por ejemplo, que la locomotora "se presente" según la pones en la vía.
No puede configurar CVs muy altas si el fabricante no ha previsto un modo de hacerlo con la 6021. (En ocasiones sí lo han previsto, y el decoder que compras es plenamente configurable con una centralita Control Unit 6021).
Aunque está protegida, si entra electricidad alterna de iluminación o de un circuito de alterna analógica cercano al circuito digital la Control Unit puede averiarse seriamente.
La centralita Control Unit 6021 NO maneja decoders DCC (del sistema de corriente contínua 2C) puros. Evidentemente, sí maneja decoders multiprotocolo a través del formato Marklin-Motorola, diseñado precisamente para ser compatible con la centralita digital Control Unit 6021
Sólo hasta 80 locomotoras a la vez. En maquetas colosales de exhibición pueden ser pocas. En casa... ¡ya quisieras!. Las maquetas gigantescas, como por ejemplo Miniatur Wunderland u otras no se manejan con una centralita Control Unit 6021 sino con versiones modificadas de programas.

Conexión apropiada de múltiples accesorios Marklin Digital.
Escaneado de la solapa izquierda del manual de instrucciones de la Marklin Control Unit 6021.

Los extraños nombres que los fabricantes pusieron a los accesorios de digital «80f, k83, k84, k73, s88» etc resultan crípticos, intimidatorios  y confusos a los usuarios no expertos.

El sistema digital bidireccional Marklin Systems - mfx tiene también aspectos desfavorables.

• El mando giratorio de las Mobile Station supuestamente con un poco de uso comienza a fallar, y este fallo va aumentando con el paso del tiempo; parece der debido a que el desgaste de múltiples giros va borrando unas marcas en la pieza giratoria roja, y esto hace que el sensor óptico que controla cómo se está girando el mando tiene dificultad creciente para apreciar el giro de la rueda.
• Se han reportado varios casos de avería repentina del módulo encoder de las Mobile Station, la electrónica que se encarga de modificar parámetros en las locomotoras sin causa aparente.
• Ha habido averías graves causadas por conectar accesorios eléctricos o electromagnéticos al transformador que alimenta a la Mobile Station (por parte de usuarios que No se han leído en el manual que ésto ya no se puede hacer, porque la Mobile Station se destruye). Es posible que debieran estar mejor protegidas frente a este tipo de sobrecarga.
  
• Ha habido casos de muerte súbita de decoders mfx, atribuídos a que éstos se han quemado durante el pulso de sobrevoltaje de 24 V de corriente alterna analógica que se usa en analógico para invertir el sentido de la marcha, hecho que se atribuye a que supuestamente estos decoders mfx tienen poca protección frente a sobrecargas y a que los antiguos transformadores estaban diseñados para se enchufados a la red a 220V, y enchufados en la red moderna de 230 V estarían dando un poco mas de 24 V.
• Ha habido confusión y picaresca con la terrible errata del intercambio de códigos de la referencia Marklin impresa en la parte trasera de las Mobile Station básicas con las más potentes y viceversa.

Y en el caso particular de las Central Station 60212, que salieron al mercado en Noviembre 2005 se les reprocha:

• No tener la pantalla en color, sino en monocromo de color anaranjado. Hay aficionados que mientras observan la evolución de los acontecimientos esperan a una versión mejorada y a todo color que suponen llegará después. No existe ninguna noticia de Marklin en este sentido.
  
• Su elevado precio.
• La imposibilidad de integrarla como mejora de los controles que actualmente gobiernan las maquetas, sobre todo las que emplean un ordenador (centralita + software), porque al no estar liberado su código, ni los fabricantes de accesorios para trenes eléctricos ni los programadores de software han podido hacer nada compatible que aproveche las ventajas del sistema digital bidireccional Marklin Systems - mfx, y NO es capaz de trabajar con los programas que las centralitas a sustituir sí pueden.
• El retraso y la lentitud en el desarrollo del sistema digital bidireccional Marklin Systems - mfx, con partes aún pendientes de salir al mercado, y prácticamente sin software.
• El que sólo esté en 4 idiomas: Alemán, Francés, Inglés y Holandés; y no, por ejemplo, en Español, Italiano, Sueco, ruso, japonés, chino, etc...
• Al ser internamente como un ordenador -la Central Station tiene una placa fabricada por ESU con un procesador ARM, y lleva instalada una versión industrial de linux- tarda en arrancar (no es instantánea, como las centralitas digitales hardware, como la Control Unit 6021), y está expuesta a cuelgues, etc.
• Relativamente poca memoria. (*esto será un problema más adelante, si se resuelven los de falta de software).
• Poca compatibilidad con los aparatos digitales de la anterior serie.